《红宝石》是一款以角色扮演（RPG）为核心，融合战略元素的经典游戏。玩家将扮演一名宝可梦训练家，踏上充满冒险的旅程，挑战各地的道馆首领，最终击败四大天王，成为冠军。游戏不仅包含丰富的剧情任务，还允许玩家与众多训练家对战，逐步提升自己的战斗技巧。探索广阔的世界，捕捉并培养宝可梦，体验策略与成长的乐趣，最终实现成为最强训练家的梦想。
游戏开始时，玩家需要选择主角性别，随后调整时间并熟悉基础操作。与邻居互动后，你会遇到博士被野生宝可梦追赶的剧情，此时需要从地上的背包中选择一只初始宝可梦进行战斗。击败对手后，博士会带你回家并赠送重要道具。继续前进，你会遇到一位友好的阿姨，她不仅带你参观商店，还会赠送恢复HP的道具。沿途与对手相遇并击败她，随后返回PC中心门口再次触发剧情。与母亲对话后，按下B键可以开启跑步功能，加快移动速度。
前往被阻挡的区域，发现挡路的叔叔已经离开。进入新城市后，挑战道馆时会意外发现馆主竟是你的父亲。正当你们交谈时，反派组织成员突然出现，引发战斗。穿过森林后，反派角色再次登场，击败他们后继续前进。经过一段漫长的旅程，抵达下一个城市并挑战当地道馆。离开道馆时，反派组织成员从大楼冲出，你需要从右侧离开城镇，但部分道路仍被阻挡。
进入山洞后，一位老人会告诉你他的宝可梦被抢走，深入洞穴后果然发现反派成员。击败他们后，老人会回来带走他的宝可梦。在路口被一位叔叔拦住，他为了感谢你赠送道具，并带你前往大楼三楼会见老板。老板会交给你重要道具，用于查看地图和宝可梦状态。返回港口后，发现老人其实是船主，选择乘船后会被带往小岛。岛上的道馆使用格斗系宝可梦，击败馆主后获得勋章。
从镇子上方离开，可以获取5号秘传机器（闪光）。进入山洞后，在上层遇到一个角色赠送道具后离开。再次乘船选择第二个目的地，抵达海滨城市。此时海族馆被反派组织围住，无法进入。与右下方工厂的老板对话后，海族馆门口的反派成员消失，支付50元参观费进入。上楼与研究员交谈时，反派组织突然闯入，击败他们后获得零件。原先被阻挡的道路现在可以通行，继续前进。
途中再次遭遇对手，击败他后抵达游戏城。自行车店老板会赠送一辆自行车，商店右侧的房屋内可领取6号秘传机器（碎石）。道馆前有两名挑战者在交谈，击败他们后再挑战馆主。获得道具后，从111号道路前往113号道路，进入山脉后遇到反派组织成员，对话后他们迅速逃离。离开洞穴后一路向下返回起点，使用碎石技能破坏岩石，与另一名角色会面并获得4号秘传机器（怪力）。
从右侧离开后继续前进，来到下雪的113号公路并登山。乘坐缆车时目睹反派组织争斗，轻松击败他们后从机器中获取道具。从下方离开后穿过树林，抵达老人村庄并挑战道馆。沿着道路前进，进入地下洞穴后使用怪力推动岩石，获得技能机器5和火之石。接下来骑自行车前往中转站，返回父亲的道场挑战他，获胜后集齐5枚勋章。
获得徽章后，前往道馆左侧的房屋领取冲浪技能。接着前往地图中央的城镇，使用冲浪渡过水域。在对岸攀登高塔，再次击败反派组织后，研究员会赠送一只25级的宝可梦。过桥后战胜对手，获得02号秘传机器（飞击）。向右前进抵达新城市，这里的道馆被障碍阻挡。继续前进，在桥上获得喷雾器后返回挑战道馆。
通过120号和121号道路抵达下一个城市，前往122号道路中央的小岛。解救被反派组织包围的老夫妇后，他们会赠送道具。返回海滨小岛的码头，发现潜水艇被盗。回到原城市，在右侧海滩上方发现反派组织基地，但潜水艇已离开。通过124号和125号水道前往新城市，挑战第七个超能系道馆，馆主为双胞胎。
离开道馆后，在镇子左上方民居领取08号秘传机器（潜水）。前往127号和128号水道，在深蓝色区域使用潜水技能。抵达被深水包围的城市后，先访问PC中心以便使用飞击返回。继续潜水直至进入山洞，发现潜水艇后浮出水面。深入基地击败大量成员，最终面对反派组织首领和传说神兽。
神兽暴怒导致海底山洞崩塌，天气异常（蓝宝石中为大雨）。返回原城市发现神兽逃至山洞，途中获得07号秘传机器（攀瀑布）。在洞窟深处与神兽交战并收服后，天气恢复正常。镇上道馆重新开放，挑战最后一个冰系道馆，需踩过所有冰面才能前进。击败馆主后获得最终徽章，攀瀑布技能可在平时使用。
最后前往128号水道，使用攀瀑布抵达下一个城镇，通过冠军之路挑战四大天王。通关后回家领取船票，前往码头可探索两个新地点。
